ד"ר פישר כתבה את עבודת הדוקטור שלה באוניברסיטה העברית בירושלים בתחום ההיסטוריה התרבותית והחברתית של ראשית העת החדשה. מחקריה עוסקים בתחומי הדת, החילון והחילוניות בזמננו ובהקשר היסטורי והשוואתי, מתודולוגיה וחשיבה היסטורית, זיכרון והיסטוריה, והקשר בין מחקר ויצירה. מחקרה הנוכחי עוסק במקומה של הקדושה בעולם הפוסט-חילוני ומציע מודלים רגישים תרבותית להתבוננות השוואתית בתהליכי חילון והדתה בחברות שונות. ב-2015 ראה אור הספר "חילון וחילוניות: עיונים בינתחומיים", בעריכתה בהוצאת מכון ון ליר והקיבוץ המאוחד.

ד"ר פישר היא המנהלת האקדמית של פרויקטים מחקריים במכון ון ליר העוסקים בשאלות של חילוניות וקדושה, היסטוריה וזיכרון ובשאלות הקשורות ליצירה ומחקר. בעבר הובילה את המהלך הלאומי לקידום לימודי מדעי הרוח בישראל, ובמסגרת זו יזמה את פרויקט "פרס ון ליר לעבודות גמר מצטיינת במדעי הרוח לתלמידי תיכון" והיא מובילה אותו עד היום.